Medien für den Atari besitzen in der Regel einen Rootsektor im alten MBR-Format. Hier werden bis zu 4 Partitionen im Rootsektor definiert, alle weiteren Definitionen sind in speziellen Strukturen über die Platte verteilt. Dieses Format ist in der AHDI-Spezifikation beschrieben. DOS und Windows handhaben es beim MBR-Schema ähnlich, aber die MBR-Partitionstabelle ist anders aufgebaut als bei TOS, was die Kompatibilität beeinträchtigt.

Bei einer GUID-Partitionstabelle befinden sich alle Partitionsdaten (in der Regel für bis zu 128 Partitionen) auf den ersten Sektoren. Auf den letzten Sektoren befindet sich stets ein komplettes Backup dieser Tabelle. Die Integrität der Partitionsdaten ist über Prüfsummen abgesichert. Medien mit einer Kapazität von mehr als 2 TiB erfordern zwingend ein GPT-Schema, da ein MBR (wie auch TOS) auf 32-Bit-Sektornummern beschränkt ist. 64-Bit-Sektornummern auf dem Atari werden in Verbindung mit dem SCSI-Treiber von Tools wie HDDRUTIL oder DISKUS unterstützt. Die eigentlichen Partitionsdaten ändern sich mit einem GPT-Schema nicht, nur der Aufbau der Partitionstabelle.
Beim Atari hängt es von der Festplattensoftware ab, ob ein GPT-Schema genutzt werden kann. HDDRIVER unterstützt GPTs seit Version 10.10, HDDRUTIL seit Version 12.50.

Auch der Atari profitiert von einem GPT-Schema.. Unten sind die wichtigsten Vor- und Nachteile für den Atari zusammengefasst.

• Generell verbesserte Kompatibilität mit anderen Plattformen, da der Aufbau der Partitionstabelle bei allen Plattformen identisch ist. Medien ohne FAT16-Partitionen erfordern kein spezielles TOS/Windows-Format. Daher erzeugtHDDRUTIL nur dann ein solches Format, wenn es notwendig ist.
• GPTs verbessern die Kompatibilität von TOS/Windows-kompatiblen Partitionen ab Linux-Kernel 6.0 deutlich.
• Linux erkennt TOS-Partitionen ohne spezielle Kernel-Konfiguration und ohne die Verwendung von TOS/Windows-kompatiblen Partitionen. TOS-Partionen lassen sich daher direkt mounten. Linux unterstützt bei FAT16-Dateisystem bis zu 4096 Bytes pro logischem Sektor, so dass Linux TOS-Partitionen bis zu 256 MiB mounten kann.
• Partitionen verschiedener Betriebsysteme können unabhängig voneinander koexistieren. Unbekannte Partitionstypen werden ignoriert.
• Prüfsummen stellen die Integrität der Partitionsdaten sicher. Fehlerhafte GPT-Daten lassen sich daher von HDDRUTIL erkennen.
• Erhöhte Datensicherheit durch ein Backup der Partitionstabelle. HDDRUTIL kann die Tabelle wiederherstellen, auch für andere Plattformen.
• Transparentere Partitions-Parameter wegen des Wegfalls aller Altlasten.
• Tools für andere Plattformen können wie HDDRUTIL eine GPT für den Atari reparieren und umgekehrt.
• HDDRIVER erkennt anhand der GPT-Attribute, ob eine Windows- oder TOS-Partition schreibgeschützt oder versteckt ist.

• Auf dem Atari unterstützt zur Zeit nur HDDRIVER das GPT-Schema.
• Low-level Disk-Tools für den Atari (z. B. DISKUS) unterstützen bei speziellen Rootsektor-Operationen nur das MBR-Schema. Solche Operationen werden aber von HDDRUTIL ohnehin besser abgedeckt.

HDDRIVER-Anwender sollten die Nutzung eines GPT-Schemas nicht nur zum Datenaustausch mit anderen Plattformen im Betracht ziehen. Schon die höhere Datensicherheit (Wiederherstellung der Partitionstabelle) kann für ein GPT-Schema sprechen.

MBR-Partitionstypen bestehen beim Atari aus drei Zeichen, in der Regel Großbuchstaben. Bei DOS/Windows besteht jeder MBR-Typ aus einem Byte. GPT-Partitionstypen werden durch eine 16 Bytes umfassende plattformunabhängige eindeutige ID repräsentiert. Daher können TOS- und DOS/Windows-Partitionen auf demselben Medium koexistieren. GUIDs werden wie folgt auf die beim Atari benutzten Typen abgebildet.

Wenn möglich verwendet HDDRIVER für XHDI-Typen die TOS-Typen statt der äquivalenten DOS-Typen.
Beim Partitionieren mit einem GPT-Schema legt HDDRUTIL statt der MBR-Typen automatisch die korrespondierenden GPT-Typen an, so dass man als Anwender nicht umdenken muss. Die Partitionierung erfolgt wie gewohnt, und nach außen hin erscheinen stets die bekannten MBR-Typen. Auch sonst gibt es im normalen Betrieb keine sichtbaren Änderungen.